• 自然科学研究機構分子科学研究所･協奏分子システム研究センター、総合研究大学院大学、名古屋大学との共同研究
  「概日リズムを奏でる時計タンパク質の内部で「２つの歯車」が噛み合う仕組み」（『Science Advances』に発表）

• 京都府立医科大学、大阪大学高等共創研究院・微生物病研究所・感染症総合教育研究拠点との共同研究
  「高親和性 ACE2 製剤はオミクロン株にも有効 新たな変異株や将来のパンデミックにも効果が期待される」（『Science Translational Medicine』に発表）

• 自然科学研究機構分子科学研究所、総合研究大学院大学、名古屋大学、立命館大学との共同研究
  「時を刻むタンパク質の巧みなアクセル・ブレーキ操作 ―概日リズムを原子から細胞スケールまで伝える省エネ分子、KaiC―」（『Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS)』に発表）

• 近畿大学大学院農学研究科・アグリ技術革新研究所、横浜国立大学、岩手生物工学研究センター、農業・食品産業技術総合研究機構との共同研究
  「イネの成長と免疫のエネルギーバランスを調整する仕組みを解明 病気に強いイネの開発に期待」（『Nature Communications』に発表）

• 京都大学、大阪大学大学院生命機能研究科 日本電子YOKOGUSH協働研究所との共同研究
  「CO₂資源化酵素の電子移動メカニズムを解明 ―生体触媒による常温常圧中性での CO₂貯留・資源化技術開発に新たな一歩―」（『Chemical Communications』に発表）

• 大阪大学大学院医学系研究科との共同研究
  「遂に解明！精子に必須のタンパク質VSPのメカニズム～電気信号は化学信号にどのように変換されるのか？」（『Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS)』に発表）

• 京都産業大学、大阪大学超高圧電子顕微鏡センターとの共同研究
  「クライオ電子顕微鏡によりATP合成酵素 FoF1 のスタートアップ機構を解明」（『PNAS Nexus電子版』に発表）

• 京都大学、レンセラー工科大学との国際共同研究
  「コレラ菌の生存に必須である呼吸鎖酵素の構造を解明 ―病原性細菌に対する新しい抗菌剤の開発研究へ貢献―」（『Nature Communications』に発表』

• 名古屋大学細胞生理学研究センター・大学院創薬科学研究科との共同研究
  「痛みや痒みを調節する受容体の構造を解明 ～神経障害性疼痛や肺がんなどの治療薬開発に光～」（『Communications Biology』に発表）

• 量子科学技術研究開発機構、東京慈恵会医科大学との共同研究
  「熱中症の発症予測・メカニズム解明にも寄与 タンパク質の過敏な熱応答で体温上昇が止まらない！ ―悪性高熱症の熱産生暴走メカニズム―」（『Proceedings of the National Academy of Sciences, the United States of America (PNAS)：オンライン版』に発表）

• 「葉緑体形成に必須なタンパク質輸送装置の中核を担う新たな因子を発見」（『The Plant Cell』に発表）

• 横浜市立大学、京都大学医生物学研究所、東京大学、理化学研究所、筑波大学生存ダイナミクス研究センター、東北大学との共同研究
  「細胞膜の中ではたらく特殊なタンパク質分解酵素の構造を解明～細菌感染症の新たな治療法の開発へ期待～」（『Science Advances』に発表）

• 東京工業大学、大阪医科薬科大学との共同研究
  「藻類進化に新説の可能性-紅藻など非緑藻類に広く分布する新たな葉緑体タンパク質輸送因子を発見」（『Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS)』に発表）

• 京都大学との共同研究
  「細胞の多面的な遺伝子解析ソフトウェアASURATを開発 ―専門家の経験に依存しない”機能アノテーション”を用いた細胞分類法―」（『Bioinformatics』に発表、遺伝子発現解析ソフトウェアASURATは査読付きのオープンソースのソフトウェアとしてBioconductorに公開）

• 関西医科大学、京都大学医生物研究所、九州大学との共同研究
  「発熱、炎症などに関与するプロスタグランジン 1 受容体 2 EP3 シグナリング複合体の可視化～緑内障、高眼圧症治療薬の合理的設計に貢献」（『Cell Reports』に発表）

• 京都大学との共同研究
  「モノクローナル抗体の用途を広げる革新技術 ―多重超解像可視化プローブへの迅速変換法―」（『Cell Reports Methods』に発表）

• 東京慈恵会医科大学との共同研究
  「悪性高熱症を単一細胞レベルで再現することに世界で初めて成功！～吸入麻酔薬や筋弛緩薬投与後の体温上昇メカニズム解明へ期待～」（『Journal of General Physiology：オンライン版』に発表）

• 京都産業大学、堀場製作所との共同研究
  「院内感染を起こすことで注意が喚起されているディフィシル菌の二成分毒素の複合体構造を解明：タンパク質膜透過の最初の動的な様子を明らかに」（『Nature Communications：オンライン版』に発表）

• 金沢大学がん進展制御研究所・ナノ生命科学研究所、東京大学との共同研究
  「慢性疾患・脳疾患治療の可能性を開く人工成長因子」（『Nature Biomedical Engineering：オンライン版』に発表）

• 大阪大学大学院医学系研究科・医学部附属病院・感染症総合教育研究拠点、株式会社ペプチド研究所らとの共同研究
  「新型コロナウイルスに対する新しいウイルス吸着療法 ～重症COVID-19患者の人工呼吸器離脱を改善～」（『Clinical and Experimental Nephrology：オンライン版』に発表）

「熱中症の発症予測・メカニズム解明にも寄与 タンパク質の過敏な熱応答で体温上昇が止まらない！
―悪性高熱症の熱産生暴走メカニズム―」
（『Proceedings of the National Academy of Sciences, the United States of America (PNAS)：オンライン版』に発表）
赤外レーザー光を対物レンズで集光して、RyR1 変異体を持った細胞に熱刺激を与え、細胞のカルシウムイオンの量を顕微鏡でモニターした。加熱１秒後にカルシウムイオンの量が上昇することを発見した（赤色な細胞ほどカルシウム濃度は高い）。 Oyama et al. (2022) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. より改変。

先端的研究施設の共用促進と医療・産業利用を目指した共同研究

先端研究基盤共用・プラットフォーム形成事業、創薬等先端技術支援基盤プラットフォーム（BINDS）などの事業を推進し、国内外のアカデミアおよび企業研究者への研究成果の普及を行っています。また、平成28年4月より（株）ニッピによる「マトリクソーム科学（ニッピ）」寄附研究部門を設立し、iPS細胞等の培養に必須の接着蛋白質ラミニンの大量生産方法を確立するなど、蛋白質研究所ならではの産学連携を深めています。
さらに、蛋白質結晶解析を効率化するタグ、固体NMRの感度を1,000倍に向上させるDNP法等の蛋白質計測・解析技術の開発に加え、高感度の細胞内温度イメージング技術、細胞の運命の制御を目指した遺伝子回路設計技術、イン・シリコ創薬基盤の構築、動植物における遺伝子機能解析技術等、蛋白質研究を応用に導くための最先端の解析技術の開発を行い、産業界との共同研究を幅広く進めています。