センターでは10名の教員と20名ほどの研究員、学生により、海洋や海産生物を対象とした海洋生物学研究を進めています。センターには、研究を進める上で必要な分子細胞生物学解析機器、質量分析計、共焦点レーザー顕微鏡、電子顕微鏡などの他、研究調査船「つくばII」をはじめとする船舶や各種潜水機器、85名収容可能な宿泊棟が備わっています。現在は、ホヤやウニを用いたゲノム・ポストゲノム研究(プロテオミクス解析、運動解析、分子イメージング)と分子遺伝学的研究(トランスジェニック系統の開発と維持、細胞分化や形態形成に関する研究)、さまざまな海洋生物を対象とした系統進化学的研究(珍渦虫、平板動物、有櫛動物、半索動物、微細藻類など)、海洋生物に関する分子生態学的研究、海洋エネルギー・炭素循環に関する研究、「式根島ステーション」を中心とした海洋酸性化の生物影響に関する研究を主に進めています。また、国内の関連研究者との共同研究や、海外関連組織との国際連携を推進しており、海洋生物学の研究者コミュニティの交流の場としても機能しています。
センターでは専属教員や協力教員による研究の他、国内外の研究者との共同研究が活発に行われています。利用者は一年間におおよそのべ6,000人程度です。現在、センター教員のグループにより、繊毛の構造・機能、受精・発生のメカニズム、神経発生と生理機能、動物の系統進化、生物間相互作用と生態系、海洋エネルギーや炭素の循環、海洋酸性化等の研究が行われています。また2018年度から新たな組織として再編されたマリンバイオ共同推進事業JAMBIOへの参加、バイオリソース事業(カタユウレイボヤ)や先端バイオイメージング支援プラットフォーム事業の活動を通しての海洋遺伝子資源の収集・保存・配付や海洋生物研究技術の支援などの活動も行っています。2021年度からは、国内外のCO2シープにおける研究を有機的に連携させ、海洋酸性化を中心とした海洋環境問題を科学的に理解し、さらに社会的な解決を図る国際研究拠点ICONAを、イタリアのパレルモ大学とフランスの国立開発研究所と共に設立して共同研究を受け入れています。
当センターでは、筑波大学における臨海実習を担当している他、全国の大学生、大学院生向けの公開臨海実習、高校生向けの公開講座、海洋生物データベースの作成など、海洋生物や海洋環境に関する教育活動も積極的に行っています。また、海洋生物学の普及とセンターの研究活動成果の発信のために、自然観察会、下田市市民講座開講、一般施設公開などの活動も精力的に進めています。これらのイベントに関する情報は、センターのホームページやニュースレターにて発信しています。これらの活動を通じ、社会全体が生物学や科学全体に関心を持つことを願っています。
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