当研究所の歴史は、日本海側地域に特有な雪氷災害や融雪期の地すべり災害等の研究を推進する「積雪地域災害研究センター」が1978年に設立されたことから始まります。2004年新潟県中越地震を契機として、2006年に災害研究と復興科学研究を推進する「災害復興科学センター」が、さらに2011年に「災害・復興科学研究所」が設立され、自然科学から人文社会科学、医学までの幅広い分野が連携した研究を実施してきました。2015年には、全球的気候変動による災害現象の極端化、及び巨大地震に連動した地震・火山活動や複数の要因による複合災害のリスク増大に対応することが急務と考え、環境動態研究部門、複合・連動災害研究部門、防減災技術研究部門、社会安全システム研究部門の4部門制に改編しました。現在は、自然環境・社会環境の変容や自然災害に起因する地域力の低下という地方・地域の社会課題に対して、異分野融合型の共同研究を推進し、新学問領域「地域力創造のための防減災学」を構築することを目指して、国内外の研究者との共同研究を推進しています。
災害復旧・復興の学術的な支援や助言を目的として村上市と災害対策に係る連携協定を締結した(2022年10月28日)。新潟大学の家屋被害調査や避難指示に係る助言等に対して、村上市から感謝状が授与された(2023年3月18日)。
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